Billet rédigé sur la base d'un article de Matthai dans le forum de TrueCrypt [en].

Préparation générale à la compilation des sources d'un logiciel

Trouver la version du Kernel afin de récupérer les sources.
uname -r
Dans mon cas, il s'agit de la version 2.6.17-10-generic. On télécharge les sources correspondantes à la version du Kernel et on les décompresse.
sudo apt-get install linux-source-2.6.17
cd /usr/src/
sudo tar xvjf linux-source-2.6.17.tar.bz2
On crée un lien symbolique "linux" vers les sources.
sudo ln -s linux-source-2.6.17 linux
On installe les utilitaires nécessaires à la compilation
sudo apt-get install build-essential
On regarde le logiciel utilisé pour compiler le Kernel :
cat /proc/version
Ce qui chez moi donne quelque chose comme ça :
Linux version 2.6.17-10-generic (root@vernadsky)
(gcc version 4.1.2 20060928 (prerelease) (Ubuntu 4.1.1-13ubuntu5))
#2 SMP Fri Oct 13 18:45:35 UTC 2006 (Ubuntu 2.6.17-10.33-generic)
Donc le Kernel a été compilé avec GCC 4.1, hop, on installe !
sudo apt-get install gcc-4.1
Maintenant, on configure les modules (tout est réglé par défaut, on peut se contenter de valider en laissant le doigt sur ENTREE quelques longues minutes).
Prévoir le temps d'un petit café...
export CC=gcc-4.1
sudo make -C /usr/src/linux-source-2.6.17 config modules 

Installation du logiciel à partir des sources

Télécharger les sources du dernier paquet (dans mon cas la version 4.2) sur http://www.truecrypt.org/downloads.php
cd
tar xvfz truecrypt-4.2a-source-code.tar.gz
On installe dmsetup pour pouvoir monter les volumes virtuels TrueCrypt,
sudo apt-get install dmsetup
Et puis on installe TrueCrypt !
cd
cd truecrypt-4.2a/Linux/
sudo ./build.sh
sudo ./install.sh
Voila, en théorie, il n'y a plus qu'à tester.
On crée un répertoire "test" dans /media/ et on essaie d'y monter le fichier crypté "test.tc" :
sudo mkdir /media/test 
sudo /usr/bin/truecrypt /media/hda5/test.tc /media/test/ 
En fonction de votre fichier TrueCrypt et de votre config Ubuntu, il peut y avoir besoin de certaines options au montage (à ajouter à la commande précédente).
 --mount-options rw,user,auto,gid=100,uid=1000,umask=002,iocharset=utf8,codepage=850'
Pour démonter l'ensemble des containers :
truecrypt -d
Hop, il n'y a plus qu'à !